হিন্দু সমাজব্যবস্থার কিছু দিক দীর্ঘকাল ধরে সমালোচনার মুখে পড়েছে, বিশেষত তার অনৈতিকতা ও বৈষম্যমূলক দিকগুলো নিয়ে। প্রথমত, জাতিভেদপ্রথা এই সমাজব্যবস্থার অন্যতম বড় অসঙ্গতি। ব্রাহ্মণ্যবাদী কাঠামো অনুযায়ী সমাজ চারটি প্রধান বর্ণে বিভক্ত, যেখানে ব্রাহ্মণরা শাসক শ্রেণি হিসেবে সুবিধা ভোগ করে, আর শূদ্র ও তথাকথিত অস্পৃশ্যরা চরম বৈষম্যের শিকার হয়। এই বর্ণভেদ প্রথা সমাজে সমতা ও ন্যায়বিচারের পরিপন্থী।

নারীদের অবস্থানও এক বড় সমস্যা। মনুস্মৃতি ও অন্যান্য ধর্মগ্রন্থে নারীদের পুরুষের অধীনস্ত হিসেবে উপস্থাপন করা হয়েছে। বিধবা বিবাহের প্রতি নিষেধাজ্ঞা, সতীদাহ প্রথা (যদিও এটি ব্রিটিশ আমলে নিষিদ্ধ হয়), এবং নারী শিক্ষার প্রতি উপেক্ষা—এসবই হিন্দু সমাজে নারীদের অবদমিত রাখার উপায় হিসেবে ব্যবহৃত হয়েছে।

আরেকটি গুরুতর সমস্যা হলো ধর্মীয় সংস্কার ও কুসংস্কার। বিভিন্ন সামাজিক রীতিনীতিকে ধর্মের মোড়কে বন্দি করা হয়েছে, ফলে যুক্তি ও প্রগতির পথে বাধা সৃষ্টি হয়েছে। বহু সময় ধরে কিছু গোঁড়া গোষ্ঠী এই রীতিগুলোকেই ঈশ্বরপ্রদত্ত বলে প্রতিষ্ঠিত করতে চেয়েছে, যার ফলে সমাজে পরিবর্তন আনা কঠিন হয়ে পড়েছে।

তবে আধুনিক যুগে বহু সমাজ সংস্কারক যেমন রাজা রামমোহন রায়, ঈশ্বরচন্দ্র বিদ্যাসাগর, মহাত্মা গান্ধী প্রভৃতি এই অসঙ্গতিগুলোর বিরুদ্ধে লড়াই করেছেন। আজকের সময়ে শিক্ষার প্রসার, আইন ও গণতান্ত্রিক নীতির ফলে এই সমস্যাগুলোর প্রভাব কিছুটা কমেছে, কিন্তু সম্পূর্ণরূপে তা দূর হয়নি।