ইসলামের ইতিহাসে নবী মুহাম্মদের নেতৃত্বে সংঘটিত কিছু হত্যাকাণ্ড ও সামরিক অভিযানের প্রসঙ্গ পাওয়া যায়, যা ঐতিহাসিকভাবে বিভিন্ন দৃষ্টিকোণ থেকে বিশ্লেষিত হয়। সমর্থকরা এসব ঘটনাকে প্রতিরক্ষামূলক বা রাষ্ট্রীয় নিরাপত্তার জন্য প্রয়োজনীয় বলে ব্যাখ্যা করেন, আবার সমালোচকরা এগুলোকে রাজনৈতিক ও সামরিক ক্ষমতা প্রতিষ্ঠার উপকরণ হিসেবে দেখেন।
বনু কুরাইজা গোত্রের হত্যাকাণ্ড একটি অন্যতম বিতর্কিত ঘটনা, যেখানে বলা হয় যে মুহাম্মদর আদেশে মদিনার এই ইহুদি গোত্রের প্রায় ৬০০-৯০০ জন পুরুষকে হত্যা করা হয়, এবং তাদের নারী ও শিশুদের বন্দি করে দাসত্বে বিক্রি করা হয়। এই ঘটনার পক্ষে যুক্তি দেওয়া হয় যে বনু কুরাইজা মক্কার কুরাইশদের সঙ্গে মদিনার চুক্তি ভঙ্গ করে মুহাম্মদের বিরুদ্ধে ষড়যন্ত্র করেছিল, কিন্তু সমালোচকরা একে নির্মম ও অতিরিক্ত প্রতিশোধমূলক বলে মনে করেন।
একটি বিখ্যাত ঘটনা হলো কবি কাব ইবনে আশরাফের হত্যাকাণ্ড। মুহাম্মদের নির্দেশে তাকে হত্যা করা হয়, কারণ তিনি ইসলামের বিরুদ্ধে ব্যঙ্গাত্মক কবিতা লিখেছিলেন এবং মুহাম্মদের শত্রুদের উসকানি দিয়েছিলেন। একইভাবে, আসমা বিনতে মারওয়ান নামের এক নারী কবিকেও হত্যা করা হয়েছিল, যিনি মুহাম্মদের বিরুদ্ধে বিদ্রুপমূলক কবিতা লিখেছিলেন। সমালোচকরা এগুলোকে মতপ্রকাশের স্বাধীনতার ওপর আঘাত বলে মনে করেন।
নাজর ইবনে হারিস ও উকবা ইবনে আবু মুয়ায়ত নামক দুই ব্যক্তি বদরের যুদ্ধে বন্দি হওয়ার পর তাদের হত্যা করা হয়। ইতিহাসবিদরা বলেন, তারা মুহাম্মদের বিরুদ্ধে কঠোর প্রচারণা চালাচ্ছিলেন এবং ইসলামের বিরোধিতায় অগ্রণী ভূমিকা নিয়েছিলেন। পক্ষপাতদুষ্ট দৃষ্টিকোণ থেকে এসব হত্যা ন্যায্যতা পেতে পারে, তবে নিরপেক্ষ দৃষ্টিকোণ থেকে এগুলোকে রাজনৈতিক বিরোধীদের নির্মূল করার একটি উপায় হিসেবে ব্যাখ্যা করা যায়।
মুহাম্মদের সামরিক অভিযানের ক্ষেত্রেও হত্যা-সংক্রান্ত বিতর্ক আছে। খাইবার অভিযানে ইহুদি নেতা কিনানা ইবনে রবিকে নির্যাতনের পর হত্যা করা হয়, যাতে তার সম্পদের গোপন স্থানের সন্ধান পাওয়া যায় বলে বর্ণিত আছে। একইভাবে, বিভিন্ন গোত্রের ওপর চালানো অভিযানে বহু মানুষ নিহত হয়।
এইসব হত্যাকাণ্ড নিয়ে আলোচনা করতে গেলে ঐতিহাসিক প্রেক্ষাপট, রাজনৈতিক বাস্তবতা এবং ধর্মীয় দৃষ্টিভঙ্গির পার্থক্যগুলো বিবেচনা করতে হয়। একদিকে, ইসলামী ঐতিহ্যে এগুলোকে ন্যায়সঙ্গত প্রতিরক্ষামূলক বা রাষ্ট্রীয় ব্যবস্থাপনার অংশ হিসেবে ব্যাখ্যা করা হয়, অন্যদিকে, সমালোচকরা এগুলোকে স্বৈরাচারী ও নিষ্ঠুর রাজনৈতিক কৌশল হিসেবে দেখেন।
